La diferencia más evidente entre Star Trek y Babylon 5 se da en la continuidad entre episodio y episodio: En un episodio de la serie clásica o de La Nueva Generación, no importa como se desarrolle la historia: Sabemos que pase lo que pase, Jean Luc Picard y Benjamin Sisko nunca resultarán muertos (a no ser que a Patrick Steward y a Avery Brooks les pagaran poco o les ficharan para el cine, claro). Los personajes no sufren cambios drásticos, ni evolución, y cualquier episodio terminará volviendo al status quo permanente de la serie. Una decisión calculada de los guionistas de la serie, que facilita la captación de nuevos espectadores -que no tienen que incorporarse a una trama argumental compleja- y permite que los seguidores antiguos no se desentiendan de la serie si se pierden un par de capítulos. Sin embargo, este modus operandi desanima a los fans acérrimos, al limitar el suspense y el dramatismo de cada episodio, así como el desarrollo de los personajes.

En Babylon 5, el planteamiento es el opuesto: Aunque cada episodio narra una historia autoconclusiva, el conjunto de la serie está concebida como una sola gran historia -eso si, con numerosas subtramas- narrada a lo largo de cinco años. Esto aporta dramatismo e interés a una narración en la que nada es inamovible y en donde, como en una buena novela , el espectador no sabe como va a desarrollarse la acción: Así, la estación espacial B5, que empezará como un enclave comercial y diplomático, terminará independizándose de la Alianza Terrestre y convirtiéndose en el último bastión frente a las fuerzas de la oscuridad. La evolución de los personajes también sigue caminos inesperados: El ciudadano G'Kar evolucionara de arquetípico villano oficial a lider carísmático para su gente, los Narn -esclavizados por la República Centauri- y finalmente a figura religiosa. En sentido contrario, Londo Mollari pasará de ser el secundario cómico oficial a responsable indirecto de la muerte de millones de narns. El mérito de Babylon 5 está, no tanto en estos giros inesperados, (tan habituales por otra parte en cualquier culebrón televisivo) sino en mantenerlos dentro de una coherencia argumental global. En esto tiene mucho que ver la implicación personal del productor de la serie, J. M. Straczynski, que ha supervisado meticulosamente todos los guiones de la serie para que se ciñeran al arco argumental previsto, escribiendo muchos de dichos guiones personalmente (de hecho, J.M.S. ostenta el record de haber escrito él sólo la totalidad de los episodios de la tercera temporada de la serie). Este hecho, así como la planificación a priori del arco argumental, aportan una enorme cohesión a una estructura narrativa en la que rara vez quedan cabos sueltos y argumentos sin cerrar. De hecho, es habitual que un comentario casual efectuado por alguno de los personajes en un episodio concreto resulte tener significación a la vista del curso posterior de los acontecimientos. Así, Valen, el histórico lider religioso del Imperio Mimbari, referido como "un mimbari no nacido de mimbari", resultará ser, episodios más tarde, uno de los protagonistas terrestres merced a una paradoja temporal. O la profecia del asesinato recíproco entre Londo y G'kar, mencionada en el primer episodio de la primera temporada. Las causas del crimen no seran reveladas hasta mediados del tercer año de la serie, donde, en un flash del futuro, descubrimos con sorpresa que ambos personajes en realidad se autoinmolan para salvar a Sheridan y Delenn.

Pero la ferrea continuidad de Babylon 5, si bien aporta emoción a la trama y riqueza a los personajes, también limita la libertad a la hora de crear historias de especulación científica. Straczynski rara vez introduciría una invención o una nueva raza sin contemplar sus repercusiones en su universo de ficción. Precisamente por eso mantiene la tecnología que aparece en la serie a un nivel no excesivamente lejano del nuestro, al contrario que en Star Trek. El ejemplo más evidente es la gravedad artificial en ambas series: Mientras que las naves de la Federación usan generadores pseudomágicos de gravedad, tanto la estación Babylon como las naves de la Alianza Terrestre incluyen secciones rotatorias en las que la gravedad se genera gracias a la fuerza centrífuga. Aunque esto cimenta la verosimilitud y la cohesión del universo Babylon, también está más limitado a la hora de introducir nuevos conceptos de ciencia ficción, cortapisa de la que carece Star Trek, donde las maravillas se suceden: Ingenios de teletransporte, replicadores de alimentos, cubiertas holográficas, armas que sólo aturden, androides casi humanos.... Los ingenios están tan alejados de nuestra capacidad técnica actual que prácticamente son mágicos, pero lo que interesa no es la forma en la que se consiguen esos prodigios, sino como estas máquinas permiten crear puntos de partida para imaginativas historias. Así, por ejemplo, no nos importa como el teletransporte escinde al capitán Kirk en sus dos mitades antagónicas (El Enemigo Interior, serie clásica), pero esto permite a los guionistas contar un cuento fascinante sobre la naturaleza dual del ser humano. Resulta ridícula la facilidad con la que una nave klingon puede viajar en el tiempo, pero ello hace posible una divertida comedia con los tripulantes de la serie clásica en el siglo XX (Misión salvar la Tierra). Y el enésimo fallo de la holocubierta puede ser exasperante, pero nos permite regocijarnos viendo a Worf atrapado en un spaghetti western (A fisful of Datas).

Otro aspecto muy interesante en el que Babylon 5 y Star Trek se diferencian es en el tratamiento que se da en ambas series a la religión. En Star Trek no suele hablarse del fenómeno religioso. Al fan más acérrimo le resultaría dificil determinar la fe que profesan Kirk, Picard o Sisko, si tienen alguna. De hecho, en terminos generales, la religión no parece estar presente en el universo de la Federación. Se respira un cierto agnosticismo, o al menos una idea de la divinidad que va más alla de los cultos religiosos excluyentes que han surgido a lo largo de la historia. De hecho, muchas veces la actitud de Star Trek hacia la religión es desconfiada: Tras un largo viaje para encontrar a Dios, el capitán Kirk y cia se encontrarán con un ser malevolo que pretende manipularles para escapar de su exilio (Star Trek V: La frontera final). Tras ser confundido por una entidad divina por una tribu de protovulcanos, todos los esfuerzos de Picard se dirigirán a convencer a esas gentes de su naturaleza humana, para evitar que el desarrollo de un culto supersticioso les haga retroceder en su evolución intelectual (¿Quien vigila a los vigilantes?). Hasta la actitud prepotente de Q, un personaje de poder absoluto, le convierte más en un adversario que en una entidad celestial. La única excepción a esta actitud "agnostica" en Star Trek se halla en la importancia argumental del culto bajorano en Espacio Profundo Nueve.

Al contrario, en Babylon 5, el hecho religioso es fundamental en la trama. La actitud de cada personaje hacia la religión está claramente definida: Sabemos que Sinclair estudió en un colegio de jesuitas, que Ivanova es judia ortodoxa, y que Garibaldi es ateo. El sentimiento religioso también se extiende a las razas extraterrestres: Un tercio de la población mimbari pertenece a la casta religiosa de su gente. G'kar profesa el culto a G'Quan. Bajo su armadura, los Vorlon se aparecen a los demás seres como criaturas luminosas similares a ángeles. Incluso una cultura tan hedonista y decadente como los centauri no carece de su propia mitología politeista. Más allá de un mero ornamento de la trama, la religión ocupa numerosas veces un primer plano en el desarrollo argumental: Así, hemos visto una presentación de los credos de las distintas razas en "El parlamento de los sueños"; se ha tratado la existencia de una vida después de la muerte en "El cazador de almas"; y las consecuencias de llevar los dogmas religiosos hasta las últimas consecuencias en "Creyentes". Esto es notable, sobre todo si consideramos que el creador de la serie, J. M. Straczynski, afirma ser ateo. Aunque, como dijo Rafael Marín, probablemente el perfil de JMS se acerque más a un agnóstico en busca de iluminación.

Finalmente, fuera de enfoques argumentales y orientaciones místicas, la principal diferencia entre Star Trek y Babylon 5 se halla en su filosofía. En Star Trek se nos presenta una utopía, la Federación, en la que los seres humanos (y no humanos), han superado todas sus mezquindades, egoismos y xenofobia: Es un mundo en el que hemos visto trabajar juntos a blancos, japoneses, negros, indios, vulcanos, klingons. Es un futuro sin pobreza, donde el concepto de dinero ha desaparecido, y la motivación está en la realización del ser humano y en la busqueda del conocimiento. Hasta la Flota Estelar, brazo armado de la Federación, tiene un marcado caracter científico, más que militarista. La amenaza, de existir, viene de fuera (borgs, cardasianos, Dominio), y en numerosas ocasiones, el conflicto se debe a malentendidos solucionables mediante el diálogo (recordemos a la Horta, el mineral asesino de "El diablo en la oscuridad" de quien terminaremos descubriendo que es una madre que está defendiendo a su prole).

Por contra, el universo de Babylon 5 es sombrio, casi siniestro, repleto de criaturas ancestrales que acechan entre las Sombras, cuyas motivaciones son inaprensibles por las razas más jóvenes. La estación Babylon, creada para ser un punto de encuentro entre culturas, deberá reconvertirse en una fortaleza militar contra la oscuridad. Las distintas razas alienígenas serán manipuladas por inteligencias milenarias para matarse las unas a las otras. Peor aún, el enemigo esta vez no sólo es externo, sino que se halla en nuestro interior: En la Alianza Terrestre nos encontramos a grupos xenófobos como el Guardián del Hogar, y unas fuerzas de defensa -el Cuerpo Psíquico- que se han hecho con el poder, y han implantado un regimen fascista absolutamente orwelliano. A pesar de los esfuerzos de los protagonistas, los finales no son siempre felices (los heroes no podrán impedir que el presidente Santiago resulte muerto en un atentado) y se respira un ambiente fatalista en el que hasta la propia estación Babylon parece condenada a su destrucción final. Con todo, los protagonistas se embarcaran en una cruzada desesperada para combatir la oscuridad, tanto interior como externa, movidos en parte por las circunstancias, y en parte por un sentido del deber que les lleva a enfrentarse a un enemigo invencible, en una batalla que trasciende el enfrentamiento físico.